Określeniem "układ odpornościowy" obejmujemy struktury tkankowo-narządowe - szpik kostny, grasica, węzły chłonne, śledziona, kępki Peyera, wyrostek robaczkowy, naczynia chłonne; komórkowe - około 500 x 10 000 000 000 różnych typów limfocytów (T, B, NK, K), (1) realizujących różne rodzaje odpowiedzi immunologicznej, oraz komórki prezentujące antygeny (APC - antigen presenting cells): monocyty, makrofagi, komórki dendrytyczne Langerhansa, wywołujące odpowiedź; a ponadto humoralne produkty - narzędzia oddziaływań wymienionych komórek (immunoglobuliny, cytokiny, czynniki wzrostowe, hormony, neuropeptydy, enzymy i mediatory stanów zapalnych.

Złożone i wielostopniowe powiązania czynnościowe pomiędzy wymienionymi elementami leżą u podstaw zjawisk odpornościowych wyrażonych ostatecznie trzema zasadniczymi rodzajami odpowiedzi immunologicznej:

a) eliminacją,
b) tolerancją,
c) wspomaganiem metabolizmu,

odpowiednio adresowanymi do rozpoznanych struktur antygenowych.

Zainicjowanie odpowiedzi zależy od nawiązania dialogu między dwoma komórkami reprezentującymi strony zawiązującego się układu: komórką immunogenną (APC) wyrażającą poprzez szczególny system sygnalizacji swój aktualny stan i potrzeby, a komórką immunologicznie kompetentną (limfocyt T CD4) o strukturze receptora antygenowego (TCR) komplementarnej wobec immunogennego sygnału "nadanego" przez partnerkę - komórkę APC.

Immunogenne oraz odpowiadające im immunologicznie kompetentne funkcje układu mogą być realizowane w zakresie repertuaru możliwości predeterminowanych genetycznie.

Układ odpornościowy dysponuje dwoma repertuarami możliwości czynnościowych. Pierwszy z nich mówi o cechach jakościowych organizmu i aktualnym stanie jego tkanek uwzględniając wpływy środowiskowe (repertuar immunogenności), drugi – o możliwości rozpoznawania pierwszego (repertuar immunologicznej kompetencji). Wzajemne zrównoważenie tych repertuarów i ich komplementarność decydują o sprawności czynnościowej układu odpornościowego, pozwalającej na odpowiedź dostosowaną do rodzaju żądania. Braki z jednej lub z drugiej strony pozostawiają albo żądania bez właściwej odpowiedzi, albo zaledwie możliwość odpowiedzi, nie zrealizowaną wobec braku wywołującego ją żądania.